Засгийн газрын хэрэгжүүлэгч агентлаг
1993-1999 оны хооронд ИАТУГ нь өөрийнхөө бүтцэд удаа дараа өөрчлөлт хийж байсан боловч тэр нь зах зээл өндөр хөгжсөн орнуудын иргэний нисэхийн үйл ажиллагааг хэрэгжүүлдэг төрийн байгууллагын бүтэц, зохион байгуулалт, олон улсын иргэний нисэхийн салбарт мөрдөж байгаа нийтлэг стандарт, шаардлагыг төдийлэн хангаж чадахгүй байсан учраас олон улсын иргэний нисэхийн байгууллага (ИКАО)-ын стандарт зөвлөмж, бусад орнуудын иргэний нисэхийн салбарын бүтэц, зохион байгуулалтын жишиг, Монголын иргэний нисэхийн салбарт Азийн хөгжлийн банкны техникийн буцалтгүй тусламжаар Австралийн MKI зөвлөх компанийн хэрэгжүүлсэн MON 1963 төслийн хүрээнд гаргасан зөвлөмж зэргийг үндэслэн Монгол Улсын засгийн газрын 1996 оны 300 дугаар тогтоол, Дэд бүтцийн хөгжлийн сайдын 1997 оны а/14 тоот тушаалаар ИАТУГ нь иргэний нисэхийг хөгжүүлэх талаар Засгийн газрын мөрийн хөтөлбөр, ДБХЯ-ны стратегийн төлөвлөгөө, үйл ажиллагааны тэргүүлэх чиглэлд тусгагдсан бодлогыг хэрэгжүүлэх, Монгол Улсын нутаг дэвсгэрт нислэг үйлдэж байгаа болон тус улсын бүртгэлтэй агаарын хөлгүүд гадаад улсад үйлдэх нислэгийн аюулгүй байдлыг хангах, үүний тулд иргэний нисэхийн материаллаг баазыг хөгжүүлэх, тус салбарт дэлхийн түвшинд хүрсэн техник, технологийг нэвтрүүлэх, нислэгийн хөдөлгөөний болон иргэний нисэхийн аюулгүй байдлыг хангах, нисэх буудлын үйлчилгээ үзүүлэх, эрх зүйн орчныг бүрдүүлэх, мэргэжлийн боловсон хүчнийг бэлтгэх, хангах зорилго, үүрэг бүхий Засгийн газрын хэрэгжүүлэгч агентлаг болсон юм.