Энэ нэгж нь үйл ажиллагааны стратегийн 6 дугаар зорилтын санхүү, төсвийн хууль тогтоомжийн хэрэгжилтэд хяналт тавих, төсвийн хөрөнгө, өр, төлбөр, орлого, зарлага, хөтөлбөр, арга хэмжээ, хөрөнгө оруулалтад санхүүгийн дотоод аудит, хяналт шалгалт хийх, үнэлэлт, дүгнэлт, зөвлөмж гаргах, эрсдэлийн удирдлагаар хангах болон хууль тогтоомж, тогтоол шийдвэр, бодлого, хөтөлбөр, төлөвлөгөөний хэрэгжилтэд хяналт-шинжилгээ хийх, үр дүнд үнэлгээ өгөх, нэгжүүдийн үйл ажиллагаанд хяналт-шинжилгээ хийх, үнэлгээ өгөх, зөвлөмж гаргах замаар удирдлага болон бусад хэрэглэгчдийг цаг үеэ олсон мэдээллээр хангаж, байгууллагын үйл ажиллагааг сайжруулахад дэмжлэг үзүүлэх үндсэн үүргийг хэрэгжүүлнэ. Мөн авлига, ашиг сонирхлын зөрчлөөс урьдчилан сэргийлэх үйл ажиллагааг  зохион байгуулна.

Даргын шууд удирдлагад үйл ажиллагаа явуулах бөгөөд үйлчилгээний үндсэн хэрэглэгч нь дарга, зохион байгуулалтын бүтцийн нэгжүүд болон бусад хэрэглэгчид байна.