Энэ нэгж нь үйл ажиллагааны стратегийн 2, 3 дугаар зорилтын хүрээнд агаарын навигацийн үйлчилгээний ойрын болон хэтийн чиг хандлагыг тодорхойлох, эрх зүйн баримт бичгийг боловсруулах, хууль тогтоомж, стандартын хэрэгжилтийг хангуулах, агаарын зай, агаарын замын сүлжлийг төлөвлөх, зохион байгуулах, нислэгийн төлөвлөлт, зохицуулалт, агаарын навигацийн үйлчилгээний зохион байгуулалтыг хэрэгжүүлэх, холбоо, навигаци, ажиглалтын тоног төхөөрөмжийн хэрэгцээ шаардлагыг тодорхойлох, хөрөнгө оруулалтаар худалдан авах тоног навигацийн төхөөрөмжийн техникийн тодорхойлолт, эдийн засгийн тооцоо судалгаа хийх, хангалтыг зохион байгуулах, Монгол Улсын нутаг дэвсгэр дээгүүрх олон улсын нислэгийн өнгөрөлт, дамжин тээвэрлэлтийн хэмжээг өсгөх арга хэмжээ авах, агаарын навигацийн үйлдвэрлэлийн үйл ажиллагааг удирдлага зохион байгуулалтаар хангах чиг үүргийг хэрэгжүүлнэ.
Агаарын тээвэрлэгчдийн нислэгийн төлөвлөлт, гүйцэтгэлд судалгаа хийж, нислэгийн зөвшөөрөл олгох, нислэгийн хөдөлгөөний төлөвлөлт, орон нутаг, олон улсын нислэгийн хөдөлгөөний үйлчилгээ, холбоо, навигаци, бодит ажиглалтын үйлчилгээний хангалт, тоног төхөөрөмжийн баталгаажуулалт болон нислэгийн зураглал хийх, шалгалтын нислэгийн үйл ажиллагаа, эрэн хайх, авран туслах үйл ажиллагааг зохицуулах, шуурхай мэдээллээр хангах, агаарын навигацийн буюу нисэхийн мэдээллийн үйлчилгээний удирдлага, зохион байгуулалт, технологийн баримт бичгийн шинэчлэлт, боловсруулалт, баталгаажуулалтын ажлыг хариуцан хэрэгжүүлнэ.
Агаарын навигацийн үйлчилгээний хөгжлийн бодлого, хөтөлбөр, төсөл боловсруулах, бодлогыг хэрэгжүүлэх ажлыг зохион байгуулах асуудлыг хариуцсан зохион байгуулалтын бүтцийн нэгж нь ИНЕГ-ын Тэргүүн дэд даргын шууд удирдлагад үйл ажиллагаа явуулах бөгөөд үйлчилгээний үндсэн хэрэглэгч нь дарга, дэд дарга гадаад, дотоодын агаарын тээвэрлэгч, бусад хэрэглэгчид байна. Энэ үйлчилгээг үзүүлэхэд оролцогч нь Зам, тээврийн хөгжлийн яам байна.
Энэ нэгжийн чиг үүргийн хүрээнд нислэгийн хөдөлгөөний үйлчилгээ, холбоо, навигаци, ажиглалтын үйлчилгээ, нисэхийн мэдээллийн үйлчилгээ, нислэгийн журам боловсруулалт, оношилгоо, хэмжил зүй, нислэгийн урсгал төлөвлөлт хариуцсан нэгжүүд ажиллана.